El programa de Fortalecimiento Institucional de Fe y Alegría Brasil 2009-2012, se basa en tres pilares y objetivos: en primer lugar, el pedagógico, para dotar las unidades de FyA Brasil de Propuesta Político Pedagógica (PPP), elaborada de manera participativa y que garantice, a nivel nacional (Propuesta Educativa Nacional), la coherencia y la calidad de la oferta educativa; en segundo lugar, la movilización de fondos, para fortalecer la identidad y garantizar la sustentabilidad de sus acciones, de forma que cada oficina local articule recursos desde los actores locales, movilizando los recursos necesarios para el desenvolvimiento de sus comunidades ,y por último, una planificación estratégica donde se evalúe la ejecución del programa y se planifique el siguiente.