Fe y Alegría Bolivia (FyA) va aplicar un nuevo Plan Estratégico 2012-2014 de Fortalecimiento Institucional que incorpora un conjunto de reestructuraciones institucionales para responder a los desafíos institucionales y cumplir con su misión. El objetivo de este programa es favorecer el desarrollo de capacidades que  generen cambios estructurales y sostenibles en el tiempo.

Se va a institucionalizar un conjunto de herramientas y estrategias de sostenibilidad organizacional, técnica y económica que consiste en aplicar un conjunto de herramientas de gestión institucional que ayuden a garantizar las propuestas educativas y de promoción social, mantener su sostenibilidad técnica y económica y proyectar la labor institucional de FyA Bolivia en función de los desafíos nacionales y mundiales.