Ante la dificultad de ofrecer educación en la escuela regular a un niño con síndrome de Down, el IEEFA fue creado en 1984 gracias a la colaboración de diferentes personas e instituciones locales. Las instalaciones del centro se ubicaron en la Av. De la Paz No. 510 y Tiputini, junto a la Unidad Educativa Fidel Egas de Fe y Alegría. Posteriormente, el entonces alcalde de la ciudad Sr. Darío Kanyac, comenzó a gestionar la construcción de aulas para talleres en la cooperativa Las Playas, dotando al IEEFA de un nuevo espacio en el que, en 1998, empieza a funcionar el Área de Discapacidad Auditiva, mientras que el Área de Discapacidad Intelectual se queda funcionando en la Av. De la Paz.

Durante el año 2009 se consigue el financiamiento por parte de la Generalitat Valenciana para construir en el terreno de la Cooperativa Las Playas una nueva edificación que permita unificar el instituto. Adicionalmente, en el año 2010 se inicia el Proyecto TIC para la Educación Especial, gracias a la cooperación técnica del BID, con el cual se logra completar el presupuesto requerido para la obra.

En este contexto y tomando como marco el Día Internacional de las Personas con Discapacidad (3 de diciembre), se llevó a cabo la inauguración de las nuevas instalaciones del IEEFA, por fin unificadas, visibilizando así el trabajo que realiza Fe y Alegría, el servicio que presta a la comunidad de Santo Domingo y el rol estratégico que brinda para el cumplimiento de los derechos de las personas con discapacidad en esta región.